徳島大学先端酵素学研究所「共同利用・共同研究」追加公募について

【2019年度 共同利用追加募集】

研究期間:採択日~2020年3月31日

 

1)徳島大学先端酵素学研究所「共同利用・共同研究」公募要領の(A)共同利用を参照し、本研究所担当教員と事前に共同利用内容等について確認してください。

2)申請書,承諾書/申請書・承諾書様式ダウンロード先:(申請様式)

3)予算上限50万円

※原則として技術支援の半分は受益者負担とし、1件あたり共同利用経費50万円を上限に補助します。不足分は受益者負担になります。

4)申請書提出期限/2019年8月30日(金)

5)申請書提出先/住所 

※封筒に「共同利用・共同研究拠点」と明記し,下記「問合せ先」へ郵送してください。      

6)採択決定後、申請者へ通知します。

7)成果報告書の提出/2020年3月31日(火)

8)その他

徳島大学先端酵素学研究所「共同利用・共同研究」公募要領に準ずる 

 

問合せ先 徳島大学先端酵素学研究所事務室(共同研究担当)

       〒770-8503 徳島県徳島市蔵本町3-18-15

               電話       088-633-9420

               電子メール kyodo@tokushima-u.ac.jp

 

公募事項

(A) 共同利用

本研究所では、次世代シーケンス/マイクロアレイ解析・プロテオーム解析・ゲノム編集マウス作製に関する技術支援を提供しています。国内外からの共同利用を広く公募します。原則として1件あたり共同利用経費50万円を上限に補助し、不足分は受益者負担とします。

 

A-1.  次世代シーケンス/マイクロアレイ解析(担当:片桐豊雅)

全ゲノム・全エクソン・全 RNA 解析・エピゲノム (Illumina 社 Hiseq1500)、マイクロアレイ発現解析(Affymetrix 社)。ヒト試料を対象とした解析には、各所属機関からのヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理に関する承認が必要です。必要経費の例(Rapid mode):全エクソン解析 598 千円/ラン(6 サンプル)、全 RNA 解析537 千円/ラン(6サンプル)、RNA 発現解析 260 千円/ラン(15 サンプル)、ChIP-seq (転写因子) 250千円/ラン(15サンプル)、ChIP-seq (ヒストン修飾) 440千円/ラン(6サンプル)、マイクロアレイ解析 45 千円/サンプル。全ゲノム解析 840 千円/サンプル(高出力モードで3サンプルから解析可能)。遺伝性疾患解析などの解析も可能。(各経費は、2019年6月現在の試薬代からの算出のため、価格改訂の可能性があります)。また、CLC genomics workbench(Qiagen 社)に標準搭載されたパイプライン解析にも対応します。

全ゲノム・全エクソン・全 RNA 解析・エピゲノム解析に関して、2019年10月以降は, illumina社 NextSeq550を用いた解析を実施予定です。必要経費例 (Midi or High output mode):全エクソン解析 198千円 (Midi), 472 千円(High)/ラン(3-12 サンプル)、全 RNA 解析198千円 (Midi), 472 千円(High)/ラン(3-12 サンプル)、RNA 発現解析 255千円 (High)/ラン(20 サンプル)、ChIP-seq (転写因子) 255千円 (High)/ラン(20 サンプル)、ChIP-seq (ヒストン修飾) 198千円 (Midi), 472 千円(High)/ラン(3-12 サンプル)(NextSeq550による解析費用ついては暫定となります旨、ご了承ください)。

詳細は担当者(tkatagi@genome.tokushima-u.ac.jp) にご相談ください。

 

A-2. プロテオーム解析(担当:小迫英尊)

質量分析(Thermo Fisher Scientific 社 Orbitrap FusionおよびQ Exactive Plus)、 2D-DIGE 解析(GE Healthcare 社)。プロテオミクス解析ソフトとしては、Proteome Discoverer、BioPharma Finder、Mascot、Scaffold、SIEVE、Pinpointなどが利用可能です。ヒト試料を対象とした解析には臨床研究倫理に関する承認が適宜必要です。必要経費の例:一次元または二次元電気泳動したゲル片や免疫沈降物からのタンパク質の同定と定量(15 千円/サンプル)、目的タンパク質のリン酸化、ユビキチン化などの翻訳後修飾の同定と定量(方法により20〜30 千円/サンプル)、細胞抽出液などの複雑な試料中のタンパク質及びその修飾部位の大規模同定と定量解析(TMT標識法、PRM、ラベルフリー定量 など、方法により15〜30 千円/サンプル)、蛍光標識二次元ディファレンスゲル電気泳動 2D-DIGE による比較解析(15 千円/ サンプル)。試料の調製法など、詳細は担当者(kosako@tokushima-u.ac.jp) にご相談ください。

 

A-3. ゲノム編集マウス作製(担当:竹本龍也)

CRISPR/Cas9 システムを用いたゲノム編集マウスの作製。エレクトロポレーション法により CRISPR/Cas9 システムを受精卵に導入することで、遺伝子改変マウスを作製します。必要経費の例:遺伝子破壊マウスの作製 400 千円程度/外来配列(40 塩基程度まで)のノックイン、1 塩基置換 600 千円程度。別途、飼育管理費やマウス輸送費用等が必要になります。

詳細は担当者(takemoto.tatsuya@tokushima-u.ac.jp) にご相談ください。